百邁客生信專用服務(wù)器可以提供從工作站到機(jī)架式服務(wù)器的各種硬件配置，且可以根據(jù)您的計算類型，合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小，實(shí)現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。
百邁客生信專用服務(wù)器系統(tǒng)的優(yōu)勢
1、硬件：根據(jù)用戶的計算需求，我們可以提供從工作站到機(jī)架式服務(wù)器的各種硬件配置，且可以根據(jù)您的計算類型，合理配置CPU數(shù)目和內(nèi)存大小，實(shí)現(xiàn)硬件資源的最優(yōu)組合。
2、軟件：在基礎(chǔ)版中，根據(jù)用戶需求我們安裝了常用生信軟件；進(jìn)階版中，我們將常用軟件封裝、串聯(lián)成分析模塊，通過單行命令即可完成很多常規(guī)分析內(nèi)容，如基因表達(dá)量計算、突變檢測、基因功能注釋等，讓用戶開機(jī)即可開始生信數(shù)據(jù)的分析。
基礎(chǔ)版最低配置方案
| 組成單元 | 配置內(nèi)容 | 單位 | 數(shù)量 |
| 塔式服務(wù)器 | |||
| 塔式服務(wù)器
（16核，64G內(nèi)存，16T存儲） |
T640塔式服務(wù)器具體配置如下：
–?2個因特爾至強(qiáng)?銀牌4110?CPU（8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache） –?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務(wù)器內(nèi)存 –?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤 –?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤 –?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存 –?2個10Gb?網(wǎng)口 –?2個750W服務(wù)器電源 –?3年4小時上門服務(wù)（7*24*4） |
臺 | 1 |
| 顯示器 | |||
| 顯示器 | DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 | 臺 | 0 |
| 集群系統(tǒng)軟件 | |||
| 操作系統(tǒng) | CentOS?Linux | 套 | 1 |
| 編譯開發(fā)環(huán)境 | GNU?C/C++編譯器 | ||
| GNU?Fortran77/90編譯器 | |||
| GNU?Debugger | |||
| 并行環(huán)境 | OpenMPI | ||
| 生物信息常用軟件 | 20款生信軟件部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 生物信息常用數(shù)據(jù)庫 | 10個免費(fèi)數(shù)據(jù)庫的下載及部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 維護(hù) | |||
| 1年維護(hù)服務(wù) | 包括每年2次系統(tǒng)巡檢，系統(tǒng)故障處理（工作日4小時響應(yīng)） | 1 | |
| 總計 | |||
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準(zhǔn)
進(jìn)階版最低配置方案
| 組成單元 | 配置內(nèi)容 | 單位 | 數(shù)量 |
| 塔式服務(wù)器 | |||
| 塔式服務(wù)器 （16核，64G內(nèi)存，16T存儲） |
T640塔式服務(wù)器 具體配置如下： –?2個因特爾至強(qiáng)?銀牌4110?CPU（8核/16線程,?2.1GHz,?9.6GT/s,?11MB?Cache） –?4根16GB?DDR4-2666MT/s服務(wù)器內(nèi)存 –?2塊600GB?10K?SAS?12Gbps?2.5英寸硬盤 –?4塊4T?7.2K?12Gbps?3.5英寸硬盤 –?PERC?H730P?RAID控制器?2GB?緩存 –?2個10Gb?網(wǎng)口 –?2個750W服務(wù)器電源 –?3年4小時上門服務(wù)（7*24*4） |
臺 | 1 |
| 顯示器 | |||
| 顯示器 | DELL?U2417H?23.8英寸顯示器 | 臺 | 0 |
| 集群系統(tǒng)軟件 | |||
| 操作系統(tǒng) | CentOS?Linux | 套 | 1 |
| 編譯開發(fā)環(huán)境 | GNU?C/C++編譯器 | ||
| GNU?Fortran77/90編譯器 | |||
| GNU?Debugger | |||
| 并行環(huán)境 | OpenMPI | ||
| 生物信息常用軟件及分析模塊 | 轉(zhuǎn)錄調(diào)控工具包，26款；20款生信軟件部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 生物信息常用數(shù)據(jù)庫 | 10個免費(fèi)數(shù)據(jù)庫的下載及部署，支持用戶指定 | 套 | 1 |
| 維護(hù) | |||
| 1年維護(hù)服務(wù) | 包括每年2次系統(tǒng)巡檢，系統(tǒng)故障處理（工作日4小時響應(yīng)） | 1 | |
| 總計 | |||
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準(zhǔn)
可部署常用生信軟件
| 軟件類型 | 軟件名稱 |
| 基因組組裝相關(guān)軟件 |
abyss、ALLpath、Canu、dbg2olc、ECTools、falcon、HGAP、IDBA、intemap、Jabba、LoRDEC、MECAT 、PBSuite、pilon、Proovread、SOAPdenovo、Spades、trinity、velvet等 |
| 基因組分析相關(guān) |
AUGUSTUS、Circos、CRT、DIAMOND、EVM、Exonerate、GeMoMa、genBlastA、GENSCAN、GLEAN 、GlimmerHMM、GMAP、infernal、islandpath_dimob、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan、 PASA、phispy、prodigal、prokka、RepeatMasker、TransDecoder、TransGeneScan、tRNAscan、tRNAscan-SE等 |
| 比較基因組軟件 | Orthmcl、Muscle、PAML、phyml、MCScanX、nucmer、HGT_Finder、Mugsy、picrust等 |
| 注釋相關(guān)軟件 | blast2go、DIAMOND、InterProScan、kohgpi、Kraken、MEGAN、metaAnnotator、metaphlan等 |
| 比對軟件 |
Blast、hmmer、blasr、bwa、daligner、Bowtie2、Blat、MECAT、genBlastA、bowtie2、GMAP、bwa 、tophat、hisat、bismark、ssearch36等 |
| 系統(tǒng)發(fā)育樹軟件 | MEGA、Phyml、RAxML、Exabayes、Mrbayes、figtree、splitstree、Phylip等 |
| 分化時間分析 | Paml、Beast2等 |
| 群體歷史動態(tài)分析 | psmc、msmc等 |
| 基因流分析 | Treemix、ANGSD、G-PhoCS、Migrate-N等 |
| 高離散SNP篩選 | BayeScan、LFMM、bayenv2等 |
| 選擇清除分析 | XP-CLR、XP-EHH、vcftools、PopGenome等 |
| LD分析 | Haploview、Plink等 |
| ka/ks分析 | Yn00、codeml等 |
| 分子方差分析 | Arlequin、poppr等 |
| 全基因組關(guān)聯(lián)分析 | plink2、Haploview、Admixture、EIGENSOFT、tassel、emmax、Fast-LMM等 |
| QTL定位軟件 | R/qtl、QTL?Cartographer等 |
| 遺傳圖譜排圖軟件 | MSTmap、Onemap等 |
| 共表達(dá)分析 | WGCNA等 |
| 轉(zhuǎn)錄組組裝 | trinity2.4.0、cufflinks、stringtie等 |
| 基因表達(dá)定量 | rsem、miRDeep2、stringtie、cufflinks等 |
| 基因表達(dá)差異分析 | DESeq、EBSeq、edgeR、MOABS等 |
| 富集分析 | topGO等 |
| 蛋白互作 | blast等 |
| 靶基因預(yù)測 | RNAhybrid、miranda、targetfinder、LncTar等 |
| 聚類去冗余 | cd-hit、tgicl等 |
| 轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測 | iTAK等 |
| circRNA預(yù)測 | CIRI、find_circ、CIRCexplorer等 |
| lncRNA預(yù)測 | CPC、CNCI、CPAT等 |
| SNP分析 | star、GATK、Samtools等 |
| CDS預(yù)測、SSR分析 | transdecoder、MISA等 |
| APA分析 | TAPIS等 |
| 其它軟件 |
fastx_toolkit、flash、HiC-Pro、LACHESIS、lefse、MCScanX、MEGA、mothur、python、qiime、 R、samtools、sortmerna、stamp、trimmomatic、uclust、usearch等 |
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準(zhǔn)
可部署生信分析模塊
| 轉(zhuǎn)錄調(diào)控工具包 （26款） |
有參轉(zhuǎn)錄組分析流程 | 遺傳進(jìn)化工具包， （20款） |
全基因組重測序分析流程 | 基礎(chǔ)工具包（22款） | Circos繪制 |
| lncRNA分類及對應(yīng)基因注釋 | 外顯子分析流程 | 單因素曼哈頓圖 | |||
| miRNA基因家族分類 | Annovar變異注釋 | 繪制GO、KEGG分類富集圖 | |||
| CPC編碼能力預(yù)測 | BreakDancer?SV檢測 | 繪制差異基因MA圖 | |||
| topGO基因功能注釋 | CNVnator?CNV檢測 | 繪制差異基因火山圖 | |||
| 差異表達(dá)基因分析 | GATK突變檢測 | 聚類熱圖繪制 | |||
| 蛋白基因家族分類 | SNP位點(diǎn)引物設(shè)計 | BLAST | |||
| 共表達(dá)模式聚類分析 | 貝葉斯方法構(gòu)建進(jìn)化樹 | SAM/BAM互換 | |||
| 基因功能注釋 | 蛋白序列同源分析工具 | 短序列比對工具bwa | |||
| 加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析 | 分化時間計算 | 根據(jù)ID列表提取fasta序列 | |||
| 保守序列預(yù)測 | 關(guān)聯(lián)區(qū)域分析 | 提取位點(diǎn)上下游定長序列 | |||
| 簡單重復(fù)序列分析 | 混池群體Fst分析 | PCA分析 | |||
| 外顯子與內(nèi)含子預(yù)測工具 | 基于admixture進(jìn)行群體結(jié)構(gòu)分析 | 相關(guān)性分析 | |||
| 信號肽預(yù)測 | MEGA | FastQC | |||
| 轉(zhuǎn)錄因子注釋工具 | 遺傳共線性分析 | 數(shù)據(jù)預(yù)處理工具 | |||
| …… | …… | …… |
注：硬件價格變化快，以最終簽訂合同時為準(zhǔn)
產(chǎn)品購買與部署
沒有定制化開發(fā)，用戶確定產(chǎn)品功能且硬件完成部署后，一個月內(nèi)完成軟件部署和測試，并交付使用
如有定制化開發(fā)需求，根據(jù)具體需求確定周期
