錄調(diào)控研究中公共數(shù)據(jù)整合分析思路.jpg)
08月28 全轉(zhuǎn)錄組主流程任務(wù)投遞說明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)兩大類分析平臺，醫(yī)學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；農(nóng)學(xué)分析平臺可以應(yīng)用到更多的物種，涵蓋轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析等。點擊左側(cè)導(dǎo)航分析->農(nóng)學(xué)或者醫(yī)學(xué)打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細(xì)介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應(yīng)用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點擊打開軟件即可進(jìn)入到參數(shù)頁面。
三、創(chuàng)建項目名稱
為了方便數(shù)據(jù)、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內(nèi)容會放到一個項目中，因此進(jìn)行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。
四、數(shù)據(jù)導(dǎo)入
針對FASTQ測序數(shù)據(jù)，選擇文件夾批量導(dǎo)入，雙端測序數(shù)據(jù)必須分別以_1.fq和_2.fq結(jié)尾，系統(tǒng)便會自動對數(shù)據(jù)進(jìn)行配對，而且多個目錄中的文件可以分多次導(dǎo)入進(jìn)來一起進(jìn)行分析。（在本公司進(jìn)行測序的數(shù)據(jù)會自動推送到您的賬戶下，數(shù)據(jù)所在文件夾名稱為合同編號）
導(dǎo)入數(shù)據(jù)之后，可以根據(jù)自己的需要修改樣品ID，由于此處設(shè)置的ID會體現(xiàn)在分析報告和分析結(jié)果中，因此請慎重考慮后再設(shè)置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒有您自己的數(shù)據(jù)，請參考數(shù)據(jù)上傳先將您的數(shù)據(jù)傳到云平臺上。
！注：1.各組學(xué)導(dǎo)入數(shù)據(jù)樣本個數(shù)要一致
????2.circRNA數(shù)據(jù)選擇去核糖體建庫則與lncRNA共用一套數(shù)據(jù)，無需單獨導(dǎo)入（百邁客建庫方法為去核糖體建庫）；選擇去線性建庫則需要單獨導(dǎo)入數(shù)據(jù)
五、選擇樣本對應(yīng)關(guān)系
為了方便后面的聯(lián)合分析內(nèi)容，需要將各RNA項目里的數(shù)據(jù)按照對應(yīng)關(guān)系統(tǒng)一編號，有幾組對應(yīng)關(guān)系則在左側(cè)添加幾組，再從右側(cè)的lncRNA樣品池和miRNA樣品池中選擇對應(yīng)的樣本添加到分組。其中默認(rèn)按鈕可以按照數(shù)字的順序快速添加對應(yīng)關(guān)系。
六、選擇參考基因組
對于依賴參考基因組序列進(jìn)行分析的平臺，一定要選擇和分析數(shù)據(jù)對應(yīng)的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細(xì)信息可以點擊基因組版本詳情進(jìn)行查看。如果云上沒有您需要的參考基因組，您可以聯(lián)系對應(yīng)的運營將您提供的基因組文件部署到云平臺上，供您使用。（注：一個項目只能使用一個版本的參考基因組進(jìn)行分析）
七、參數(shù)設(shè)置
- 流程版本號可以選擇默認(rèn)的最新版本
Lib_type為窗體頂端
- Lib_type ：lncRNA建庫方式，fr-firststrand表示測序數(shù)據(jù)中，reads2方向與轉(zhuǎn)錄本方向一致；fr-unstranded為非鏈特異性建庫；fr-secondstrand 表示read1方向與轉(zhuǎn)錄本方向一致(百邁客lncRNA的建庫方式為fr-firststrand）
- lncRNA分析中反式靶基因預(yù)測方法： 樣本少的時候可以選擇基于序列方法，樣本數(shù)較多（大于5）推薦使用基于共表達(dá)分析方法。
- miRNA的長度范圍和接頭序列可根據(jù)實際情況進(jìn)行填寫，主要是為了過濾原始數(shù)據(jù)中的街頭，默認(rèn)參數(shù)為百邁客使用的序列
- circRNA預(yù)測軟件：給出三種預(yù)測方法，CIRI和find_circ是兩個不同的預(yù)測軟件，可以分別選擇其中一個軟件進(jìn)行預(yù)測，CIRI+find_circ是將兩個軟件預(yù)測的結(jié)果取交集作為最終的結(jié)果，（此選項可能會導(dǎo)致預(yù)測結(jié)果偏少）
八、差異分組設(shè)置
根據(jù)實驗方案設(shè)計以及樣品信息，進(jìn)行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。
DEseq2軟件適用于有生物學(xué)重復(fù)的項目，edgeR適用于無生物學(xué)重復(fù)的項目，選擇第一個，系統(tǒng)會自動識別項目類型選擇對應(yīng)的軟件
- FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇2.（此處設(shè)置的的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進(jìn)行修改）
九、聯(lián)合分析參數(shù)
- 構(gòu)建共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的篩選條件為共表達(dá)相關(guān)性閾值和共表達(dá)相關(guān)性分析中顯著性閾值兩個參數(shù)，其中共表達(dá)相關(guān)性閾值越大，顯著性閾值越小，則條件越嚴(yán)格。
- 構(gòu)建ceRNA網(wǎng)絡(luò)的關(guān)系對的篩選條件為ceRNA超幾何檢驗fdr值、ceRNA超幾何檢驗p值、ceRNA共享的miRNA數(shù)目三個參數(shù)，其中fdr值和P值越小，共享miRNA數(shù)目越大則篩選條件越嚴(yán)格。
- 圖中參數(shù)為推薦參數(shù)
十、生成標(biāo)準(zhǔn)分析報告
參數(shù)設(shè)置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數(shù)進(jìn)行修改后再次分析；一切準(zhǔn)備就緒后，點擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標(biāo)準(zhǔn)分析報告。
報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務(wù)時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細(xì)報告。
點擊報告右上角的項目結(jié)果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結(jié)果數(shù)據(jù)（尾款結(jié)清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結(jié)果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉(zhuǎn)換而來，方便您進(jìn)行報告打印；結(jié)果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結(jié)果文件，一般比較大，會通過FTP進(jìn)行下載
