錄調(diào)控研究中公共數(shù)據(jù)整合分析思路.jpg)
08月28 真核轉(zhuǎn)錄組主流程任務(wù)投遞說明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)兩大類分析平臺，醫(yī)學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數(shù)據(jù)的分析，包含：轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數(shù)據(jù)分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析；農(nóng)學(xué)分析平臺可以應(yīng)用到更多的物種，涵蓋轉(zhuǎn)錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數(shù)據(jù)的分析，以及全轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析等。點擊左側(cè)導(dǎo)航分析->農(nóng)學(xué)或者醫(yī)學(xué)打開分析平臺列表頁面，點擊選擇您想要使用的分析平臺，打開其詳細介紹頁面，該頁面可以看到該平臺的應(yīng)用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點擊打開軟件即可進入到參數(shù)頁面。
三、創(chuàng)建項目名稱
為了方便數(shù)據(jù)、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個項目的內(nèi)容會放到一個項目中，因此進行基本分析時需要先選擇一個項目，如果沒有項目也可以點擊+新建先創(chuàng)建一個項目，見下圖。
四、數(shù)據(jù)導(dǎo)入
針對FASTQ測序數(shù)據(jù)，選擇文件夾批量導(dǎo)入，雙端測序數(shù)據(jù)必須分別以_1.fq和_2.fq結(jié)尾，系統(tǒng)便會自動對數(shù)據(jù)進行配對，而且多個目錄中的文件可以分多次導(dǎo)入進來一起進行分析。（在本公司進行測序的數(shù)據(jù)會自動推送到您的賬戶下，數(shù)據(jù)所在文件夾名稱為合同編號）
導(dǎo)入數(shù)據(jù)之后，可以根據(jù)自己的需要修改樣品ID，由于此處設(shè)置的ID會體現(xiàn)在分析報告和分析結(jié)果中，因此請慎重考慮后再設(shè)置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒有您自己的數(shù)據(jù)，請參考數(shù)據(jù)上傳先將您的數(shù)據(jù)傳到云平臺上。
四、基本參數(shù)設(shè)置
一般在這里選擇生信流程版本、設(shè)置報告名稱等基本參數(shù)，如果對于參數(shù)設(shè)置沒有特殊要求，推薦使用默認參數(shù)。
五、選擇參考基因組（有參）
對于依賴參考基因組序列進行分析的平臺，一定要選擇和分析數(shù)據(jù)對應(yīng)的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細信息可以點擊基因組版本詳情進行查看。（一個項目只能使用一個版本的參考基因組進行分析）
六、基因功能注釋（無參）
- 組裝方式：
轉(zhuǎn)錄組組裝方式?jīng)Q定了后續(xù)Unigenes庫的構(gòu)建和表達定量的策略以及分析結(jié)果的可靠性.根據(jù)實際情況選擇轉(zhuǎn)錄組組裝方式。分開組裝是對每個樣品數(shù)據(jù)單 獨組裝；合并組裝是將所有樣品放在一起組裝；分組組裝適合于不同品種（或者是變異種）的組裝，將相同品種的樣品合并組裝，然后將每組的組裝結(jié)果 進行合并去冗余。合并組裝獲得的Unigene庫更完整、冗余度更低,因此Trinity官方亦推薦使用合并組裝，以便進行后續(xù)的表達定量和差異表達分析.
- 注釋物種
為了提高注釋分析的效率(縮短比對比對時間)以及獲得有效的注釋信息,在選擇注釋物種時,應(yīng)盡量選擇包含物種最確切的數(shù)據(jù)庫.（如果分析物種為真菌類，一定要選擇真菌選項，否則會影響組裝效果）
七、差異分組設(shè)置
根據(jù)實驗方案設(shè)計以及樣品信息，進行分組的設(shè)置，流程據(jù)此進行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個差異分組。FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數(shù)閾值一般推薦選擇（此處的參數(shù)和差異分組在后期報告?zhèn)€性化中可再次進行修改）
八、生成標(biāo)準(zhǔn)分析報告
參數(shù)設(shè)置完成之后，可以點擊保存參數(shù)，方便之后進行重新分析或者基于本次參數(shù)進行修改后再次分析；一切準(zhǔn)備就緒后，點擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據(jù)不同分析平臺、不同數(shù)據(jù)量等待大概2小時到3周的時間完成項目分析，獲取到標(biāo)準(zhǔn)分析報告。
報告查看，點擊項目（管理）?->?我的項目打開項目列表，找到之前提交任務(wù)時選擇的項目，點擊項目名稱打開該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點擊報告名稱查看詳細報告。
點擊報告右上角的項目結(jié)果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結(jié)果數(shù)據(jù)（尾款結(jié)清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個src文件夾，展示了部分結(jié)果；PDF報告是根據(jù)HTML報告轉(zhuǎn)換而來，方便您進行報告打?。唤Y(jié)果數(shù)據(jù)包含了項目中所有結(jié)果文件，一般比較大，會通過FTP進行下載，請耐心等待下載。
